Se entiende por línea de investigación el conjunto de actividades de investigación articuladas en uno o varios proyectos agrupados en respuesta a los intereses específicos de uno o varios departamentos.

En la Universidad Iberoamericana Ciudad de México hay 21 unidades académicas: dos institutos de investigación y 19 departamentos académicos, a través de los cuales operan tres centros de investigación. Además, a través de los departamentos se imparten 36 programas de licenciatura, 11 de ellos en ingeniería, y 31 programas de posgrado en diferentes niveles: especialidades, maestrías y doctorados.